Daha sonra Bursa ve İstanbul'a giderek zamanın tedris edilen ilimlerini tahsil etti. Bu sırada tekkelere gidip sohbetlere katılarak tasavvuf neşvesini de geliştirdi. Otuz yaşında medreselerden icazet alarak müderris olmaya hak kazandı. Bu sırada Kocamustafapaşa'daki bir tekkede şeyhlik yapan Sümbül Sinan Hazretleri'nin şöhretini işittiyse de bazı kimselerin onun hakkında yaptıkları dedikodular sebebiyle, bir türlü gidip sohbetlerine katılmamıştı. Bir gün rüyasında Sümbül Efendi'nin kendi evine geldiğini gördü. Onu içeri koymamak için hanımı ile kapının arkasına pek çok eşya dayadılar. Üzerine de oturdular. Fakat Sümbül Efendi kapıyı zorlayınca, kapı arkasına kadar açıldı ve arkasındakiler yerlere yuvarlandı. Bu sırada uykusundan uyanan Musa Efendi, yaptığı hatayı anladı ve sabahleyin Sümbül Sinan Hazretleri'nin huzuruna gitmeye karar verdi. Sabahleyin Sümbül Sinan Hazretleri'nin camiine gidip vaaz ettiği kürsünün arkasına o görmeden oturdu. Sümbül Sinan vaaz sırasında Taha suresinin bazı ayetlerini tefsire başladı.

Tefsirden sonra: "Ey Cemaat! Bu tefsirimi siz anladınız. Hatta Musa Efendi de anladı" buyurdu. Sonra aynı ayeti kerimeleri daha yüksek manalar vererek tefsir ettikten sonra tekrar: "Ey cemaat! Bu tefsirimi siz anlamadınız. Musa Efendi de anlamadı" buyurdu. Musa Efendi, gerçekten de bu anlatılanlardan bir şey anlamamıştı. Sümbül Sinan Hazretleri, o gün Taha suresini yedi türlü tefsir etti. Musa Efendi'nin kürsü arkasında olduğunu, zahiren görmediği halde anlamıştı. Vaaz bittikten ve cemaat dağıldıktan sonra Musa Efendi, Sümbül Efendi'nin huzuruna varıp elini öptü ve kendisinden af diledi. Merkez Efendi en kıymetli talebelerinden biri oldu. Sümbül Efendi Hazretleri, Merkez Muslihiddin Efendi'ye kısa sürede hilafet vererek Aksaray'da Kovacı Dede Dergâhı’nda tayin edilmesini sağladı. Yeni mürşidin dergâhı kısa sürede talipleriyle dolup taştı. Bu sırada mürşidi Sümbül Efendi Hazretleri'nin kızı Rahİme Hatun ile evlenir.

Merkez Efendi, Manisa'da iken, mürşidi Sümbül Sinan Hazretleri 936 (m.1529) yılında hastalandı. Vefatından on gün sonra Merkez Efendi İstanbul'a geldi. Sümbül Sinan Hazretleri'nin çok sevdiği talebelerinden Yakup Germiyanîoğlu, Sümbül Efendi Hazretleri'nin yerine geçmiş, sohbetlerine başlamıştır. Merkez Efendi, mürşidinin Kocamustafapaşa'daki dergâhına gitti. Merkez Efendi Sümbül Sinan’ın vasiyeti üzerine hocasının yerine posta geçer. (1551) yılı Rabiul Ahir ayının on yedinci gününe rastlayan bir perşembe günü, taliplerine son vasiyetini yaptıktan sonra, Kelime-i Şehadet getirerek vefat etti. Cenazesini Şeyhülislam Ebussuud Efendi yıkanadı.  Merkez Efendi sıtma suyunu bularak sıtma hastalarının şifa bulmasına sebep olmuştur.

MERKEZ EFENDİ MANİSA’DA

Merkez Efendi Manisa’da görev yaptığı sırada Kanuni Sultan Süleyman’ın annesi Hafsa Valide Sultan, hastalanır. Hastalığına çare bulunamamış bunun üzerine Merkez Efendi 41 çeşit baharattan macun hazırlar. Ayşe Hafsa Sultan Mesir Macunu sayesine sağlığına kavuşur. Hafsa Sultan vücut bağışıklığını arttıran macunun halka dağıtılmasını istemiştir. Sultan Camii kubbelerinden halka saçılmış, saçımın özellikle Nevruz’a denk gelmesi, geleneksel bir Türk kültür öğesinin yeni bir form ve muhtevada yaşamasına, günümüze intikaline vesile olmuştur. Darüşşifa kitabesine göre, H.946/M. 1539-1540 tarihinde Kanuni Sultan Süleyman tarafından annesi adına yaptırılmıştır. Külliyenin mimarı Acem Ali, darüşşifanında planlayıcısı olmalıdır. Fakat Acem Ali darüşşifayı tamamlayamadan ölmüştür.

Külliyenin onarım gördüğü tarihlerde darüşşifanın da onarılmış olması mümkündür. 1922 Yunan İşgalinde yakılan yapı, 1962-1963 lerde restore edilmiştir. Daha sonra uzun bir süre boş kalan yapı 1996 yılında Celal Bayar Üniversitesi'ne tahsis edilmiş ve 30 Kasım 2013 günü Celal Bayar Üniversitesi tarafından Hafsa Sultan Tıp Tarihi Müzesi olarak hizmete açılmıştır. Osmanlı Devleti’nin tarihi seyri içinde özellikle Fatih Sultan Mehmet (1451-1481) den itibaren tıp alanında önemli gelişmeler yaşandığı görülmektedir. Ayrıca bu dönemde devlet tarafından Hekimbaşılık müessesesinin temellerinin atılması da sağlık hizmetlerine verilen önemin bir göstergesidir. Bazı hastalıkların bulaşıcı olduğunu keşfeden Osmanlı hekimleri buna göre tedavi usulleri geliştirmiş ve kurulan hastanelerde özellikli hastalığın tedavisi için ayrı bölümler oluşturulmuştur.